Comme son nom l'indique, Voyages-en-direct.com a construit son modèle économique en éliminant certains intermédiaires, à l'exception de l'agence.
Le site met en relation les clients et les réceptifs, en éliminant ainsi les tour-opérateurs et les vols que le voyageur devra réserver par ailleurs. Olivier Théry, fondateur des tour-opérateurs Out of Africa et Chemins de Sable, fait ce constat : "Les clients connaissent mieux les destinations que les agents de réservation et ils trouvent des billets d'avion moins chers que l'on peut leur proposer. Ne pas se remettre en question, c'est se condamner à mort". D'où le lancement voyages-en-direct.com qui met en relation réceptifs, 150 sont déjà référencés, et les clients. Il n'y a pas de contrat d'exclusivité, ni de droit d'entrée. L'agence peut travailler avec plusieurs réceptifs sur le même pays. Le client rentre divers critères - type de séjour, nombre de personne, mode de déplacement – et le correspondant local lui fait ensuite parvenir un devis. Titulaire d'une immatriculation et adhérent de l'APST, c'est le site qui encaisse l'argent et qui s'octroie une commission. Le client se débrouille pour trouver son billet d'avion, Voyagesendirect a adopté le moteur d'Odigéo. Par ailleurs, les agences de voyages ou les comités d'entreprise peuvent adopter en marque blanche la technologie du site, développée par Advences. "La commission varie entre 8 et 12% sur chaque vente réalisée, précise Olivier Théry. Nous démarchons actuellement des réseaux et des agences indépendantes". Pour mener à bien ce projet, il s'est entouré de Didier Rose, directeur associé, Denis Pollet, membre du comité stratégique et Marie Veys, responsable projet Internet.
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