Avec l'entrée en vigueur des horaires d'hiver 2013-2014 (du 27 octobre 2013 au 29 mars 2014), l'aéroport de Bâle-Mulhouse-Fribourg annonce environ 550 départs par semaine vers 60 aéroports en vols réguliers.Tout d'abord Agadir avec TUIfly (1 fois par semaine), mais aussi le Cap Vert (Boa Vista et Sal) avec TUIfly (1 fois par semaine), Cracovie avec Easyjet (3 fois par semaine), Séville avec Easyjet (3 fois par semaine), Thessalonique avec Easyjet (2 fois par semaine) et Tuzla avec Wizzair (3 fois par semaine).
De plus, les destinations Berlin, Bordeaux, Budapest, Casablanca, Hambourg, Londres-Heathrow, Nantes, Naples, Palma de Majorque, Porto et Skopje bénéficient de fréquences supplémentaires. Quant aux vols vacances, l'EuroAirport maintient le choix de départs hebdomadaires vers des destinations en Egypte (Hurghada, Charm el-Cheikh), au Maroc (Agadir, Casablanca, Marrakech) et en Tunisie (Djerba) ainsi qu'en Europe du Sud vers le bassin méditerranéen comme, par exemple, vers l'Espagne (Fuerteventura, Grande Canarie, Palma de Majorque, Ténériffe) et la Turquie (Antalya, Istanbul, Izmir).
Transport